Neben heimischen Fischarten aus Ost- und Nordsee sind auch Arten des Mittelmeers ständige Bewohner des Aquarium GEOMAR. Beim Mittelmeer handelt es sich um ein Binnenmeer, welches nur über eine sehr schmale Meerenge (Straße von Gibraltar) mit dem Atlantik verbunden ist. Es liegt geografisch zwischen Europa, Afrika und Asien und ist bekannt als Lebensraum für eine Vielzahl an bekannten Speisefischen.

Das Schaubecken „Mittelmeer“ des Aquarium GEOMAR beherbergt genau einige dieser, den meisten Menschen eher von der Karte eines Restaurants bekannte Fischarten. Die Gestaltung des Mittelmeerschaubeckens ist dabei auch an die touristischen Hafenanlagen dieser Regionen angepasst. Des Weiteren bewohnt eine Gruppe von Rotfeuerfischen dieses Becken. Rotfeuerfische zählen zu den giftigsten Fischen der Welt und sind vor einigen Jahren als invasive Art ins Mittelmeer eingewandert.

Das mediterrane Hafenbecken verfügt über ein eigenes Kreislaufsystem, welches eine Wassermenge von 12.000 Liter befördert. Salzgehalt und Temperatur sind den Werten des mediterranen Mittelmeers nachempfunden und liegen zwischen 3,0 bis 3,7 Prozent Salzgehalt, sowie einer Temperatur von 18 bis 25 ºC.